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另辟蹊徑！微生物研究新辦法

      有名戰(zhàn)地記者，羅伯特卡帕曾經說“你拍的不夠好，是因為你靠的不夠近”，一語道出戰(zhàn)地人像攝影的真諦：所有的不**，都是因為你做的還不夠好。這樣的道理同樣適用于科研領域。近年來，人類腸道菌群方面的研究一直是持續(xù)的熱點，特別是通過宏基因組測序等手段，人們對腸道微生物，進行了各種各樣的研究和描述。

                               


      目前，人們已知腸道菌群是非常復雜并高度特異的，正常人的腸道中一般包括100-1000種微生物，各種微生物的種類和豐度和人們的健康是緊密相關的。然而，這些研究往往都是基于高通量測序技術對腸道菌進行的宏觀描述，鮮有研究去深入調查各種**的表型或功能。甚至大多數(shù)科研工作者都抱著相同的看法：絕大多數(shù)的腸道微生物是不可培養(yǎng)的，能夠在體外培養(yǎng)的腸道物，所占比例僅為1-5%。然而，事實真的是這樣嗎？
      近期，發(fā)表在自然雜志上的文章Culturing of ‘unculturable’ human microbiota reveals novel taxa andextensive sporulation一舉顛覆了這一觀點，并向廣大的科研工作者提供了一種現(xiàn)實可行的腸道基因組研究辦法。

                                        


      在該項研究中，研究者找到了一種新的腸道微生物培養(yǎng)辦法，在厭氧環(huán)境下，通過一種含有YCFA的培養(yǎng)基即可在體外大量培養(yǎng)腸道微生物。研究人員采集了6例正常人糞便，在分離到腸道微生物后，將樣品一分為二，一部分用于體外培養(yǎng)，另一部分用于宏基因組測序。體外培養(yǎng)的微生物在菌落形成后也進行高通量測序，*終的結果顯示，糞便來源的腸道微生物宏基因組測序結果和培養(yǎng)后的腸道微生物測序結果具有高度的一致性，在6例樣本中有多達93%的原始讀長（raw reads）是一致的，經過拼裝后（de novo assembly）的一致性依然高達72%。這向我們提示，大多數(shù)的腸道微生物其實是可培養(yǎng)的。另外，研究人員在培養(yǎng)中還發(fā)現(xiàn)了137種全新的微生物種類，并在體外將其單獨培養(yǎng)，純化。
      該項研究通過將高通量的測序技術和傳統(tǒng)的微生物培養(yǎng)方法結合起來，向人們提供了一種可行，嚴密的技術手段，研究人員通過體外培養(yǎng)，條件干涉等手段，即可對腸道微生物進行種群，豐度及功能方面的深入研究。同樣，這一方法也適用于環(huán)境微生物研究等研究領域。
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